Sự thay đổi hướng tới hạt nhân NT dẫn đến việc hệ điều hành không cần DOS để khởi động máy tính cũng như không thể sử dụng nó. Sự cần thiết phải khởi động lại máy tính trong chế độ thực MS-DOS bị từ chối sau Windows 3.1x cho đến khi điều này không còn được hỗ trợ trong Windows ME. Cách duy nhất để chạy các ứng dụng DOS yêu cầu chế độ thực từ các phiên bản Windows mới hơn là sử dụng các trình giả lập như DOSBox hoặc các phần mềm ảo hóa x86.